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北京基因组所(国家生物信息中心)宣布更新版人类长非编码RNA知识库LncRNAWiki 2.0

  克日,由ibet(国家生物信息中心)国家基因组科学数据中心开发的人类长非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)知识库LncRNAWiki 2.0正式上线。该研究系统先容了LncRNAWiki更新版主要内容,并以“LncRNAWiki 2.0: a knowledgebase of human long non-coding RNAs with enhanced curation model and database system”为题在国际学术期刊Nucleic Acids Research 在线揭晓。

  LncRNA通过重大多样的分子机制施展主要功效,在多个生物学历程施展主要作用,与人类疾病的爆发生长亲近相关。LncRNAWiki是一个基于MediaWiki框架开发的人类lncRNA群体审编知识库,最初注释了86个文献报道的lncRNA。以后,研究团队每年一连增添新的功效性lncRNA并富厚lncRNA注释。阻止2020年,LncRNAWiki已包括2,056个功效性lncRNA的注释信息,为相识lncRNA的功效和研究希望提供了主要的资源平台。

  为利便数据结构化治理及统计盘问,LncRNAWiki 2.0大幅提升了系统框架,并建设了标准化审编模子。详细来说,2.0版主要基于MySQL/Java构建,结构化展示功效性lncRNA的10类注释信息,实时统计多种要害内容的研究希望,支持注册用户凭证审编模子在线提交/编辑/更新lncRNA相关知识,并基于审编知识和生信剖析效果展望lncRNA功效。在群体审编方面,提供了包括分子特征、临床关联、靶基因、调控因子、实验样本、生物学功效、CRISPR实验、文献等10类内容的系统性审编模子,支持结构化审编注释。为确保审编质量,增添了专业审核环节,且任何用户均可报告lncRNA页面上的注释过失。

  现在,LncRNAWiki 2.0共包括2,512个lncRNA的106,242条知识关联信息,这些关联知识主要来自于对16个专业数据库信息的标准化整合审编;谥苋缓竦淖⑹,在统计页面为研究职员提供实时的lncRNA功效图谱,例如凭证现有注释可知70%以上的lncRNA研究集中在疾病方面,在肝癌、白血病、结直肠癌中的研究较多;MALAT1、HOTAIR、H19等被报道较多,具有富厚的功效注释信息;lncRNA的定位研究主要集中在外泌体、细胞核中;帕比司他、顺铂和多西紫杉醇三种药物与lncRNA的关联研究较多。所有相关知识在Browse页面均可一键免费下载。

  LncRNAWiki 2.0数据库具备友好的网页界面,利便数据治理,包括数据提交、编辑、审核、过失报告,以及浏览、搜索、下载和统计,提供了多种在线工具,用于lncRNA ID转换、序列比对和功效展望,助力掘客新的lncRNA功效,有望成为lncRNA功效注释和研究的主要资源平台。

  北京基因组所(国家生物信息中心)特殊研究助理刘琳,博士研究生李昭和硕士研究生刘畅为本文配合第一作者,马利娜副研究员与章张研究员为配合通讯作者。该研究获得了中科院战略性先导科技专项、国家重点研发妄想、中科院青促会等项目资助。

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   LncRNAWiki 2.0知识审编流程与主要内容

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